Secara umum, koko dianggap sebagai sumber antioksidan yang kaya seperti prosianidin dan flavanoid, yang mungkin memberikan sifat anti-penuaan.[54][55] Koko juga mengandungi paras flavonoid yang tinggi, khususnya epikatekin, yang mungkin mempunyai kesan yang baik terhadap kesihatan kardiovaskular.[56][57][58] Koko adalah perangsang dan mengandungi sebatian teobromina dan kafein. Bijiya mengandungi antara 0.1% dan 0.7% kafein, manakala biji kopi kering adalah kira-kira 1.2% kafein.[59]

Aktiviti perangsang koko berasal dari sebatian teobromina yang kurang diuretik dibandingkan dengan teofilin yang terdapat dalam teh.[54] Pengambilan koko yang kaya dengan flavanol telah dikaitkan dengan faedah kesihatan kardiovaskular,[56][57][60] walaupun ini merujuk kepada koko mentah dan sedikit lebih rendah, coklat gelap, kerana flavonoid merendah semasa proses memasak dan alkali.[61] Faedah jangka pendek dalam tahap kolesterol LDL dari penggunaan coklat gelap telah dijumpai.[62] Penambahan susu penuh kepada coklat susu mengurangkan kandungan koko secara keseluruhan pada per auns sambil meningkatkan tahap lemak tepu. Walaupun satu kajian telah menyimpulkan bahawa susu merosakkan penyerapan flavonoid polifenol, contohnya, epikatekin, tindak lanjut[63] gagal mencari kesannya.

Hollenberg dan rakan-rakan dari Sekolah Perubatan Harvard mengkaji kesan koko dan flavanol pada orang Kuna Panama, yang merupakan pengguna berat koko. Para penyelidik mendapati bahawa orang Kuna yang tinggal di pulau-pulau mempunyai kadar penyakit jantung dan kanser yang jauh lebih rendah berbanding dengan orang-orang di tanah besar yang tidak minum koko seperti di pulau-pulau. Adalah dipercayai bahawa aliran darah yang lebih baik selepas penggunaan koko yang kaya flavanol dapat membantu mencapai manfaat kesihatan di jantung dan organ lain. Khususnya, manfaat mungkin meluas ke otak dan mempunyai implikasi penting untuk pembelajaran dan ingatan.[64][65][66][67]

Makanan yang kaya dengan koko kelihatannya mampu mengurangkan tekanan darah mengikut analisis penyelidikan yang diterbitkan sebelumnya dalam Arkib Perubatan Dalaman yang dikeluarkan pada 9 April 2007.[56][68]

Kajian selama 15 tahun terhadap lelaki tua[69] yang diterbitkan dalam Arkib Perubatan Dalaman pada tahun 2006 mendapati pengurangan 50 peratus dalam mortaliti kardiovaskular dan pengurangan 47 peratus dalam kematian semua sebab bagi lelaki yang kerap memakan koko paling banyak, berbanding dengan yang paling sedikit koko dari semua sumber.